正解はわからない。ただ、Podsディレクトリとhoge.xcworkspaceは不要なんじゃないかと思う。
これらはPodfileに書いていれば、
pod installコマンドで生成されるため。Podsディレクトリは容量も大きい・・・。.xcodeprojファイルと同じディレクトリに.gitignoreファイルを以下内容で作成してcommitされないように設定しておく。
# Xcode
*.xcworkspace
# CocoaPod
Pods/*[Swift]GitHubにpushするときはどのファイルを上げればいいのか？
Swift